Bereits auf Karten aus dem Jahr 1840 findet man die Bruderhöhle eingezeichnet. Um die Karsthöhle ranken sich viele Geschichten und Sagen. Die Höhle wurde kürzlich saniert und ist nun wieder frei zugänglich.

Seit dem Jahr 2000 war die Bruderhöhle in Effingen einsturzgefährdet und darum für Besucher gesperrt. Seit 2017, saniert durch die Gemeinde Effingen, ist das Naturdenkmal im Wald über der Talmatte wieder zugänglich. Die Höhle ist ein beliebtes Ausflugsziel für Familien, um die sich viele Geschichten ranken.

Die Bruderhöhle ist eine typische Karsthöhle, welche sich im Kalkgestein gebildet hat, das
vor über 140 Millionen Jahren im Jura-Meer abgelagert wurde. Die Höhle ist aber wesentlich jünger und „nur“ einige hunderttausend bis wenige Millionen Jahre alt. Das genaue Alter ist unbekannt.
Die Bruderhöhle könnte Teil eines größeren Höhlensystems gewesen sein, das aber durch Erosion (z.B. die Absenkung des Sagimühlitales) bis auf wenige Reste zerstört wurde. Archäologische Funde, die auf eine Nutzung der Höhle durch den Menschen in vorgeschichtlicher Zeit hinweisen, sind bisher keine bekannt.