Die um 1030 gegründete Doppelburg ist namensgebender Stammsitz der Habsburger, die nach ihrem Aufstieg im Spätmittelalter ein Weltreich beherrschten. Heute beherbergt die Burg eine Ausstellung und ein Restaurant.

Um 1020 erbaute der adlige Radbot auf dem Wülpelsberg die Habsburg. Sie sollte das Eigenamt befestigen, also das Gebiet zwischen Aare, Reuss und Kestenberg schützen. Die Habsburg wurde in der Familie weitergegeben, Ratbots Enkel Otto II. nannte sich um 1100 als erster «Graf von Habsburg». Er amtete über das Ober-Elsass. Seine Nachkommen wohnten alle auf der Habsburg.
Das Grafengeschlecht gewann stetig an Einfluss und bezog 1230 einen grösseren und repräsentativeren Wohnsitz. Die Burg wurde an mehrere Dienstadlige verliehen. 1415, als die Eidgenossen in die Gegend einmarschierten, verloren die Habsburger ihre Stammburg. Nach mehreren Besitzerwechseln gelangte sie 1469 in den Besitz des nahegelegenen Klosters Königsfelden, wechselte aber bald wieder mehrmals die Hand. 1804 übernahm der Kanton Aargau die bereits etwas zerfallene Anlage, die erhaltene Hintere Burg konnte renoviert werden, während von der Vorderen Burg nur noch Ruinen bestehen.